青海湖裸鯉（Gymnocypris przewalskii），隸屬于鯉科裂腹魚亞科，是國家二級保護動物，僅分布于典型高原咸水湖泊—青海湖中，是維持青海湖“水-鳥-魚”生態(tài)鏈穩(wěn)定的核心物種。青海湖裸鯉是鯉科魚類中唯一一種適應(yīng)青海湖高鹽堿水環(huán)境的自然群體，是研究高原魚類適應(yīng)進化的良好素材。青海湖裸鯉為同源四倍體，基因組復(fù)雜度較高，因此長期以來一直缺乏高質(zhì)量的青海湖裸鯉基因組。

　　中國科學(xué)院西北高原生物研究所高原魚類進化與功能基因組學(xué)科組通過運用二代（illumina）、三代測序技術(shù)（PacBio）,并結(jié)合Hi-C互作圖譜技術(shù)輔助基因組組裝，獲得了一個高質(zhì)量青海湖裸鯉基因組。青海湖裸鯉基因組共2.03G，掛載到46條染色體，包含56397基因，共線性分析顯示基因組加倍發(fā)生在7.14 Mya，系統(tǒng)進化分析顯示青海湖裸鯉可能起源于白甲魚（Onychostoma macrolepis）。利用構(gòu)建的青海湖裸鯉基因組與鯉魚和斑馬魚基因組進行比較分析發(fā)現(xiàn)，青海湖裸鯉加倍基因主要富集于DNA修復(fù)，轉(zhuǎn)運等與高原環(huán)境適應(yīng)相關(guān)通路?；蚣易鍞U張和正選擇分析，發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)運基因相關(guān)基因家族，如SLC4a基因家族、CLC基因家族等均發(fā)生擴張，水通道蛋白AQP3等受到正選擇，可能與其高鹽環(huán)境適應(yīng)相關(guān)。研究結(jié)果將有助于進一步研究高原魚類的適應(yīng)性進化，并為魚類的耐逆分子育種提供素材。

　　該研究以Chromosome-level genome of Tibetan naked carp (Gymnocypris przewalskii) provides insights into Tibetan highland adaptation為題發(fā)表于基因組學(xué)領(lǐng)域?qū)I(yè)期刊DNA Research（中科院二區(qū)，IF=5.358）。趙凱研究員為文章通訊作者，田菲副研究員和劉思嘉助理研究員為文章的共同第一作者。該研究得到國家自然科學(xué)基金委面上項目、中國科學(xué)院西部之光、青海省重大專項計劃資助。

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圖1 青海湖裸鯉基因組及進化分析

圖2 青海湖裸鯉基因組加倍和共線性分析