白唇鹿 (Cervus albirostris ) 是鹿科（Cervidae）白唇鹿屬（Przewalskium）下的唯一物種，僅分布在青藏高原地區(qū)，是青藏高原特殊的地質(zhì)地理條件下形成的特化種。為逐步恢復(fù)野生白唇鹿種群數(shù)量并維持鹿茸的可持續(xù)利用，自20世紀60年代開始，白唇鹿被人工養(yǎng)殖。在長期的養(yǎng)殖過程中，人們發(fā)現(xiàn)部分圈養(yǎng)個體處于一種亞健康狀態(tài)，其具體表現(xiàn)為潛在病原體增加，腸道微生物多樣性減少，特定的腸道微生物功能減弱，患病風(fēng)險增加。

　　為深入探討圈養(yǎng)對白唇鹿腸道微生物群落結(jié)構(gòu)和生態(tài)過程的影響，中國科學(xué)院西北高原生物研究所動物進化適應(yīng)與瀕危物種保護學(xué)科組基于16S rRNA V3-V4區(qū)測序，利用QIIME2流程方法對圈養(yǎng)和野生白唇鹿糞便微生物結(jié)構(gòu)和組成進行了分析。結(jié)果表明，圈養(yǎng)白唇鹿腸道菌群中厚壁菌門 (Firmicutes)相對豐度低于野生種群，而擬桿菌門 (Bacteroidetes) 相對豐度高于野生種群；在屬水平上，條件致病菌和果膠分解菌相對豐度較高。PCoA分析表明野生白唇鹿和圈養(yǎng)白唇鹿的腸道菌群組成和功能存在顯著差異。零模型、中性群落模型和生態(tài)位寬度聯(lián)合分析表明，圈養(yǎng)通過提高確定性過程的貢獻，改變了其腸道微生物群落的生態(tài)組裝過程。綜合以上結(jié)果，研究認為，圈養(yǎng)能夠通過持續(xù)施加選擇性壓力而改變白唇鹿腸道微生物，從而對其宿主產(chǎn)生潛在的不利影響。本研究為瀕危物種的保護生物學(xué)研究提供了新的研究手段和視覺。

　　研究以Captivity Shifts Gut Microbiota Communities in White-Lipped Deer (Cervus albirostris)為題，發(fā)表于動物學(xué)科專業(yè)期刊Animals。碩士研究生李斌為論文第一作者，張同作研究員為通訊作者。該研究得到了中國科學(xué)院青海省人民政府三江源國家公園聯(lián)合研究專項（LHZX-2020-01）等項目的支持。學(xué)科組依托中科院高原生物適應(yīng)與進化重點實驗室和青海省動物生態(tài)基因組學(xué)重點實驗室。

　　論文鏈接：https://doi.org/10.3390/ani12040431

白唇鹿腸道微生物群落組成及成分差異分析

白唇鹿腸道微生物群落生態(tài)過程分析